Las divisiones inferiores de Independiente están categorizadas por edad, dividiéndose en: Cuarta, Quinta, Sexta, Séptima, camiseta de francia mundial 2022 Octava y Novena División. También tiene un equipo reserva de la Primera División en el que participa anualmente en el Torneo de Reserva. Para ello las instituciones deberán contar con un Seguro Obligatorio de acuerdo a la ley vigente, para poder prever todos estos casos. Por ellas se han formado jugadores como Ricardo Bochini, Gustavo López, Nestor Clausen, Rubén Galván, José Percudani, Miguel Santoro, Pedro Monzón, Alejandro Barberón, Pablo Rotchen, Sebastián Rambert, Diego Forlán, Sergio Agüero, Emiliano Martínez, Esequiel Barco, Alan Velasco, entre tantos.
